西马见状，马上命令旗手打旗语告诉何伯，他建议全军继续北上迅速歼灭当前敌人的有生力量之后迅速撤离，但何伯收到消息后却犹豫了。此前何伯舰队北上的主要目的就是歼灭太平军海军主力，取得远东完全的制海权，但太平军海军此前一直采取避战游击的战法，让何伯有力无处使。而此刻出现了两支太平军海军舰队主力，要是能够一战而歼灭这两支太平军舰队主力是多么诱人的事啊。虽然何伯也清楚蚁多咬死象的道理，但他抱着赌一把的心态和英国人传统的冒险精神，还是决定试一试，尝试着歼灭这两支太平军舰队。
于是，何伯否决了西马的建议，他打出旗号，命令英国舰队一分为二，分出十余艘战舰南下迎击曾天浩的南海舰队，其余战舰继续和通宝和尚的主力决战。西马见状虽然急得跳脚，但此时战斗正处于白热化，也来不及争辩，再犹豫浪费时间只会令舰队无所适从，于是他还是听从何伯的命令，亲自带领分出来的舰队南下迎击。
英国舰队一分兵，东海舰队这边的压力骤然减轻，通宝和尚也是海战老手，他迅速抓住这个机会，命令东海舰队剩下的战舰迅速调整方略，几艘甚至十几艘红单船、福船、沙船集中起来围攻一艘英国战舰，开始了他的蚁多咬象战术。
在人类海战史上，其实并不缺乏小型船只和大型战舰决战的战例，后世英勇的解放军海军就曾今在八六海战中打出过这种以小打大、以弱胜强的著名战例，虽然此时的英国海军相当精锐并非台海国党那种怯弱的海军，但此时太平军胜在船多。
随着双方的恶战持续展开，英国舰队开始觉得吃力，虽然他们的一艘战舰能够击沉太平军的多艘战船，但自己也要付出相当大的代价，一些吨位较大的战舰还好，只是严重损毁，而一些吨位小的则被彻底击沉。
何伯看到这个情景心疼不已，英军在远东的战舰沉一艘就少一艘，而且英军虽然造舰是全球第一，但造价也是不菲的，太平军用那种劣质的红单船、福船、沙船几艘换一艘英国战舰，明显就是英国人吃大亏。
南下迎敌的西马分舰队也好不到那里去，南海舰队本身有五十多艘红单船、福船和沙船等小型战船，这次出征前，曾天浩又根据和王资雨的商贸协定租用了台湾清军水师二十多艘战船一同出战，也是船只较多。西马的十三艘战船也遇到了何伯相同的麻烦，交战一个小时后，西马不得不命令剩下的十艘英国战舰迅速靠拢，围成一团，防备再被小型战船分割包围而击沉。
何伯这边也不约而同的采取了同样的方式，他剩下的八艘战舰靠拢之后，相互保护各自的侧翼和菊花，也让太平军的小型战船失去了穿插和迂回的空间。
看到这种情景之后，曾天浩和通宝和尚不约而同的命令自己的战船迅速脱离战斗，分头往南北两个方向撤离了。英军舰队靠拢之后，难以第一时间展开追击，而且海面上还飘着不少英军水兵，于是何伯和西马都下令停止追击，救助海上的落水者。
值得一提的是英国海军的人道主义精神，对于落水的太平军海军水兵，他们也进行了救助，只不过这些太平军水兵就成了俘虏。
舟山海战就这样以太平军主动撤出战斗而结束，太平军固然没有能够击败英国舰队，而英国舰队也没能彻底歼灭太平军海军。英军舰队损失十一艘战舰，而太平军损失的战船更多，特别是东海舰队损失了三十艘战船，南海舰队也损失十多艘战船，但似乎是太平军更加划算。
至此何伯舰队从离开香港时的三十六艘大小战舰，此刻只剩下十八艘了，而且还有几艘身负重伤，至于战果非常令人失望，他们没能占领任何一个沿海港口，也没能歼灭太平军海军，最后何伯和西马商议之后，只能带着两百多名从海上救起的太平军海军俘虏和满船的英军伤兵返回香港去休整了……
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