太平军控制了东门之后，双方进入了短暂的喘息时期，清军并没有像以往那样城破便即崩溃，他们退守到各个街口后面，依托街垒和民居继续顽抗。双方在简单的用过午饭之后，纷纷调整部署，准备下一轮的厮杀。
陈玉成见东门落入手中之后，便让轻便的八磅炮入城，工兵清理了城门道路上的地雷和障碍物之后，扒开了被清军填死的东门，炮队二十门八磅炮部署到了城墙上头。后续部队也开始进入城内，准备接替先头部队继续向城内纵深进攻。
率先开始发难的却是清军，东门两侧南门和北门的清军沿着城墙发动了冲锋，但很快被城头的太平军神枪手和火炮压制住，这时候太平军的火力优势完全发挥了出来，又是居高临下，清军的敢死队丝毫不能发挥作用。
在各个街口发生的火枪对射清军处于下风，太平军的火枪射程远、精度高，清军的鸟枪和抬枪完全被压制，他们只能依靠城内民居庐舍的掩护发起短促的突击来进行肉搏反击，但肉搏战中，清军也丝毫不能占得便宜，太平军娴熟的刺刀配合战术总是令清军最后退却而回，清军的战果仅仅是靠着出其不意从某间屋子里冲杀出来，才能偷袭得手。
虽然取得了全面的优势，但陈玉成很是恼火，在突破城墙的时候，太平军在肉搏和随后突然遭到清军火炮袭击下损失了数百名士兵，战死四百余人，伤五百余人。之后清军的反击中又有百余名士兵伤亡，清军这种以命换命的打法令太平军损失颇大。一个上午过后，太平军损失了差不多一个营的兵力，而占据的地盘仅仅是东门一隅。
随着后续部队开进城内，太平军开始了艰苦的巷战，一队队的太平军以班排为单位开始逐物逐街的扫荡，清军则狡猾的隐藏于街角、屋内或是房顶，不时的放冷箭、暗枪、偷袭来给太平军制造麻烦。
战至下午，太平军开始摸索到了巷战的窍门，他们也开始爬上各处民居的屋顶，居高临下控制街面，配合下面的友军逐屋逐街的继续推进着。
双方的士兵都杀红了眼，城内的百姓则遭了秧，不少百姓死于双方的误伤之下，太平军在打下一条街之后，还能将屋内的百姓转移到后面安全的街道去，但在争夺这些屋舍的时候，误伤在所难免。
到了傍晚时分，太平军不得不停下了脚步，清军在巷战中渐渐抵挡不住，太平军的兵力优势和火力优势越来越明显，已经开始出现清军向太平军投降的情况。老奸巨猾的江忠源便下令放火，在肇庆最繁华的主要街道上，清军沿着这条街道的屋舍放火，冲天的大火迅速的阻断了太平军前进的脚步。
不得不说江忠源这厮的奸猾之处，他还看准了风向，点起的火头并没有朝着清军控制的城区发展，而是朝着太平军控制的东门烧了过去，是以太平军不得不停下脚步开始拆毁民居、搬运水沙来灭火。江忠源为了守住肇庆，竟然不惜火烧城池来阻挡太平军，当真已经是到了最后的疯狂。
城内的百姓则遭了秧，很多藏在屋内没来得及逃出来的百姓被活活烧死在屋内，逃出来的百姓则失去了家园和一切财产，太平军不得不抽出人手来引导百姓暂时出城安置，以免葬身火海。
到了入夜时分，太平军好不容易才控制住了火势，但太平军控制下的城去却是一片瓦砾，清军则在另一头准备好了继续顽抗。陈玉成站在东门城头看到被烧毁的大半个肇庆城，咬牙切齿的怒道：“主攻部队明早继续清缴残敌，其余几门的守御部队坚守阵地，不许放一个清妖出城！”
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