西王府除去两丞相、六部和六部所辖的三十六司之外，还有四个特殊的衙门和司部是直接隶属西王娘管辖的。一个是洪韵儿早就管着的诏书衙，一个是女事馆，一个舆宣司，还有一个是医务司。
诏书衙所管之事也就是负责刊行西殿各种法令、文书和官方书籍，也负责民间各种书籍的刊行审核，也就是西殿控制民间舆论的一个重要举措。因为洪韵儿非常喜欢书籍的缘故，诏书衙暂由洪韵儿亲领，其下有傅善祥、李璇玑等才女襄助。
女事馆也就是管着西殿女营、女馆等妇女之事，也是由洪韵儿带着傅善祥、李璇玑、杨冬青等诸女执管。
舆宣司则是由王利宾任司长，职同检点，就是负责开办报纸，控制民间舆论，也负责各种宣传之事。
最后的医务司由姚远出任司长，也就是负责苏褔省的各种医疗、医馆和军医之事。
另外还有两个部门也是由西王直接管理，一个便是新成立的情报司，由钱江主管，职同检点；另一个是童强胜的白泽堂。情报司是西殿明面上的情报机构，除了负责探听情报、收集民间消息之外，还负责秘密监察百官，他们的职司和刑部监察司不同，他们只负责收集百官的情报，并没有断处和拿人的权力。而白泽堂则好像西殿秘密警察部队一样，除了刺探情报之外，还干着一些见不得人的勾当，比如刺杀、造谣等等。因为这两个部门极其要紧，所以也是萧云贵直管的。
由于西殿将官中过于偏重武事，武官倒是极多，而文臣终究太少，是以六部中的侍郎很多是由武职转过来的将官担任，而六部尚书则全是由文士担任。
左宗棠为西殿左相，兼着户部尚书的差事。华蘅芳任礼部尚书还兼着要筹备西殿科学院的差事，原本肖云贵比较属意李善兰出任礼部尚书的，但这老头潜心钻研学术，无心出仕，也只得作罢，最后李善兰答应帮着西殿开办新式学堂或大学，他来做校长。李开芳转为兵部尚书，还兼着管辖苏州区的兵马，也就是苏州卫戍司令的意思。
吉文元出任刑部尚书，吉文元为人处事公正、铁面无私，虽是武职出身，但他在军中断处案事，无有不服，出任刑部尚书也算合适，只是他的刑案断处思路还停留在老旧的封建刑案思路上，讲究重刑严厉，虽然和萧云贵的思路有些不同，但左宗棠呈言此刻正值乱世，之乱时用重典，吉文元的严酷正好适合，最后萧云贵才定了吉文元出任。
工部虽然有几个司部还没有侍郎出任，算是个空架子，但工部尚书是由徐寿出任，萧云贵也给徐寿特权，只要是徐寿找来的工学人才，西殿可以破格录用。历史上徐寿帮清廷办的安庆军械所、江南制造局等等就很有成就，加上徐寿乃是不可多得的工学人才，并无其他腐儒那种对洋人科学视之为奇巧淫技的偏见，让他出任西殿工部尚书正好。
而吏部尚书则是由李寿蓉出任，无锡的差事萧云贵打算让别人接任，李寿蓉是跟着王闿运、左宗棠等人一道投入自己帐下的，经历过南京之战和东征，也算是西殿老人，而且才学不在王闿运之下，出任吏部尚书正合适。
西殿中央的构架搭好了，余下便是地方上的官府构架。要想管治好一方，地方政权的建立是非常重要的。太平天国在建国后，改清廷“省、府、道、县”的行政区划方式为“省、郡、县”三级制，即取消“道”，改“府”为“郡”。
萧云贵和左宗棠商议后，重新划定了苏褔省的地方行政区划，更改后的苏褔省省会苏州，置有10郡70县。苏州郡治苏州，与长洲天县、吴县、元和3县同治一城，领10县：长洲天县（由清长洲县改）、吴县、元和、常熟（与昭文县同城治所）、昭文、昆珊（由清昆山县改）、新阳、吴江、震泽、东珊。
常州郡（清为常州府）治武进、阳湖，领5县：武进、阳湖（上两县同治常州城）、抚锡（由清无锡改为抚锡）、金匮（上两县同治无锡城）、宜兴、荆溪（上两县同治宜兴城）、江阴县。
太玱郡（改清太仓直隶州为太玱郡）治上海县。领5县：上海、镇洋、嘉定、宝珊（宝山所改后金珊亦同）、崇明。
松江郡（清为松江府）治花亭、娄县。领7县：花亭、娄县、菁浦（由清青浦县改）、奉贤、南汇、川沙、金珊。
杭州郡治钱塘、仁和两县，领9县：海宁、钱塘、仁和、富阳、余杭、新城、临安、于潜、昌化。
嘉兴郡治嘉兴、绣水两县。领7县：嘉兴、绣水（由清秀水县改）、嘉善、海盐、石门、平湖、桐乡。
湖州郡治归安县。领7县：归安、乌程、长兴、德清、武康、安吉、孝丰。
严州郡治建德县，领6县：建德、寿昌、桐庐、分水、淳安、遂安。
绍兴郡治珊阴、会稽两县。领8县：珊阴（由清山阴县改）、会稽、莦珊（由肖山县改）、诸暨、尚虞（由清上虞县改）、嵊县、余姚、新昌。
宁波郡治勤县，领6县：勤县、义县、奉化、镇海、象珊、定海。
如今的苏褔省比后世历史上李秀成东征后建立的苏褔省要大得多，因此新立的苏褔省郡县划出了10郡70县来。各郡设郡守衙门管治地方，各县设县令，再到乡、村则是按乡官制度编设（详见前文）。另在地方郡县设警察所，负责地方治安，乡村之地设乡兵所，负责地方治安，该地有驻正式兵马的则不受地方辖制，而是直接由兵部和西王府节制。
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