同样，均田制的这种弊端在倭国也逐渐显现出来，但与华夏不同，倭国四面环海，只有内乱，外来威胁少之又少，国家不需要强兵，所以均田制虽然崩坏，但影响不大，随之而来的兵制崩坏，影响似乎也不大，倭国皇室就这么醉生梦死的生活了五百多年。
但是，随着百姓负担的加重，一种新的避税方式出现了，那就是“投充”，一些倭国人居安思危，将自己的土地“投充”的京都的贵族权臣门下，用较轻的田租取代了繁重的税收。
这样做的结果是，倭国皇室愈发的衰弱，因为它既没有土地，也没有士兵；而贵族则空前腐朽堕落起来，因为他们什么都不用做，就有一批庄园主自动“投充”过来，送上大笔大笔的田租。
这种现象和另一个时空华夏明朝后期的情况比较类似，只不过华夏那边，迎来了满族的入侵；而倭国这里，随之而来的是武士阶层的崛起。
武士，本质上是地方庄园的壮丁，因为国家武备崩坏，强盗横行，所以庄园主们挑选精壮，组成小型的护卫军队，防止强盗劫掠，久而久之，就形成了一个叫“武士”的阶层。
为了更好的控制武士，庄园主们为武士灌输忠诚、名誉、仁、义、勇、礼等观念，鼓励其忠于主家，可以为了主家“毫不留念的死、毫不犹豫的死、毫不顾忌的死”。
为了获得贵族的庇护，为了获得自己土地的所有权，武士们舍生忘死，奋不顾身。但是时间长了，武士们逐渐不满起来。对贵族的生活方式、价值观念，武士们也逐渐从羡慕、向往转向鄙视、厌弃。
但是也许是深受华夏传统道德影响的缘故，武士们并没有发出“王侯将相宁有种乎”的呼声，而是产生了“只反贪官不反皇帝”的朴素思想，他们希望在朝廷中有自己的代表，为了自己的代表能够掌权，他们同样可以奋不顾身，舍生忘死。
第一个在朝廷中掌权的武士家族，是平家，其中的代表人物是平清盛，他在世的时候，平氏达到了全盛，平清盛本人做到太政大臣，位极人臣，然后他与皇室结亲，废立天皇，诛杀反对大臣，其家族垄断了朝廷所有重要职位，鼎盛时期，处于其直接控制之下的封国占全国一半以上。
当然平氏能做到这一步，也与其血统有关，他们本是皇族后裔，后被赐姓“平”而降为臣子。同样，与其相争的源氏，血统一般无二，同样是从皇族云端降下来的高贵血脉。
平家虽然是武士出身，掌权后却迅速贵族化，这让支持他们的武士大失所望，这些武士很快汇集到源赖朝的身边来反抗平氏。
很快，源赖朝在其岳家北条氏、兄弟源义经、源范朝的帮助下，建立了镰仓幕府。
此刻的源赖朝，并没有推翻天皇的想法，当然也没有推翻天皇的实力，其麾下的武士并不想成为京都的贵族，他们只想拥有自己土地的所有权，只要不再让贵族夺走就可以了，除此之外，他们没有更高的要求。
为此，镰仓幕府从皇室获得了任命所有封国守护以及在各地庄园、公领任命“地头”的权力，这样镰仓幕府实际上控制了全国，而武士们的要求也达到了，那就是不再受贵族的盘剥，成为了自己土地的主人。
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