1997年，马友友费时多年完成一项将巴哈无伴奏大提琴组曲结合多种表演艺术的创新诠释。内容不仅包含他本人在世界各地音乐会演出、巴哈无伴奏大提琴组曲重新录音，更重要的是以“巴哈灵感”为题的内涵。演出共分成六部影片(六部组曲各一)，以巴哈的音乐为出发点，再各自与马友友所激发的灵感结合，和不同领域的艺术家(包括花式滑冰好手托薇儿与狄恩、花园设计师梅瑟维、导演伊果杨和吉拉德)创造出新风貌的巴哈。影片在“公共电视台”及全球各大电视网播出，获奖无数，包括两项艾美奖、加拿大双子星奖16项提名及许多国际影展大奖，由新力古典发行录影带。
为发展大提琴演奏曲目，他时常演奏20世纪较不为人知的大提琴曲，许多现代作曲家皆为他量身订做新乐曲。曾为多位作曲家的新作首演，其中包括艾伯特(Stephen Albert)、丹尼波尔(Richard Danielpour)、哈比森(John Harbison)、柯希纳(Leon Kirchner)、李伯森(Peter Lieberson)、卢塞(Christopher Rouse)、盛宗亮、谭盾、约翰-威廉斯等。这些不仅是为他而写的作品，马友友在作曲家的创作过程也扮演重要角色。
马友友除了不断在音乐舞台上带给观众全新的感受，更致力于音乐教育的推动。他不但鼓励青少年接触音乐，更希望他们进一步参与创作。巡回演出期间，马友友都会排出时间指导大师班学生，甚至参与学生(包括非音乐科系学生)一些非正式的活动。同时，他也发展“家庭音乐会”，如在卡内基厅一系列“家庭音乐会”开幕中演出；在“Mr. Rogers Neighborhood”及“芝麻街”等电视节目中，带领小听众群进入音乐世界。马友友竭尽所能地为儿童塑造一个音乐的空间，以丰富而生动的方式让音乐与创造力成为儿童生活中的一部分。
在1999年的夏天，马友友与名指挥巴伦波因合作，和一群来自中东的优秀杰出年轻音乐家们组成的“中东青年管弦乐团”一起演出研习，活动名为“1999文化之城”，于德国威玛举行。
从他广泛而多元的音乐事业，不难理解其不断寻求与听从不同的对话方式，以及对个人的艺术成长求新求变的态度。无论是演奏新乐曲或大家耳熟能详的曲目、和好友一同演出室內乐、与年轻的音乐家及听众接角、探索西方古典传统外的文化及音乐型式，马友友努力从中找寻能激发想像力的元素。藉著与音乐家之间的互动，超越单一音乐风格的界限。他最大的目标就是将音乐化为一沟通的语言，跨越世界不同种族，拉进人与人之意距离。为达成此目的，他更投身研究国乐、中国传统乐器、非洲卡拉哈利的丛林音乐等。
评论家认为马友友“无所不奏”（omnivorous），比一般的古典音乐家更为兼容并蓄。马友友非常重视与小听众的接触，经常参与到音乐教育的各种活动中来，并鼓励青少年多多接触音乐，思考音乐和创作音乐。
而让陈锋非常佩服的是，1976年他于美国哈佛大学毕业，并取得人类学学士学位。1991年，哈佛大学授予他荣誉博士学位。可以说是个文才双全的高智商人物。
此外，让人有些好奇的就是他的演奏乐器了——Domenico Montagnana 1733，这是一把在威尼斯组装的大提琴，要价250万美元，拥有270年以上的历史，暱称为Petunia，马友友曾有一次将它遗留在纽约的计程车里。後来找回且并未受损。马友友的另有一把原属杰奎琳.杜普蕾的大提琴，名为Davidov Stradivarius，杜普蕾死後将其传给马友友，但是实际的拥有者仍然未知。除此之外，他还拥有一把碳纤维制成的大提琴，制作公司为波士顿的Luis and Clark。
他现在进献现场表演的就是这把价值两百五十万美元的Montagnana 1733。
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